由于村镇银行属于商业银行的特征，我国银行业监督机构对其实施了严格的市场准入监管和运营中的审慎监管。其主要内容有：（1）准入监管。监管机构要根据当地经济金融发展环境、农村金融服务状况和金融监管资源配置情况，合理确定村镇银行设立地域和数量的计划，逐级报银监会备案。要严格市场准入标准，按照成熟一个、审批一个的原则，严把市场准入关，不得擅自放宽市场准入标准，确保村镇银行的准入质量。（2）资本监管。建立了资本预警机制。银行业监管机构设置资本充足率“预警线”，当村镇银行的资本充足率接近预警值时，监管机构及时提示，督促村镇银行启动资本补充和控制风险资产机制，防止资本充足率下降到8%以下。（3）风险管理。村镇银行要着重防范信用风险、流动性风险和操作风险。村镇银行应汲取城市信用社、农村基金会等经验教训，坚持小额、分散的原则，努力防范信贷集中度风险，不得对异地股东及其设在注册地的关联企业授信。要与持股银行建立流动性风险管理支持机制，确保持股银行对村镇银行必要的流动性支持，充分发挥持股银行在村镇银行流动性风险处置上的协防作用。要严格执行银监会防范操作风险的有关规定，严防账外经营等操作风险。[7]
从现存的对村镇银行的监管法律看，其监管措施和监管标准与城市商业银行几无差别。由于社区银行与城市商业银行存在极大差异性，将针对城市商业银行的严格的监管措施运用到对社区银行的监管中，扼杀了社区银行的活力。在这样的监管法律下，村镇银行为迎合监管框架的需要，在服务对象以及服务方式等方面必定会向城市商业银行等金融机构靠近，这最终会影响它的支农效果。正如有文章指出，“监管部门对村镇银行的监管主要是依照商业银行管理的方式进行，村镇银行设立的目的和管理方式之间不相匹配。统一的监管准则必然会使银行监管达不到有效性，必然会使村镇银行在经营的过程中，把重心偏向城市区域，把重点放在大企业上。同时，统一的监管准则还会在金融市场上形成天然的进入壁垒，这会使村镇银行在业务竞争上存在先天的劣势”。[8]从国外经验来看，差别监管是推动社区银行良性发展的重要保障。美联储主席伯克南在介绍美国社区银行监管经验时就指出：“考虑到社区银行的特殊性，美联储已经调整监管程序，对社区银行进行了更加科学精细的分类，以针对每一家机构的规模、复杂性、风险状况以及商业模式来制定个性化的监管方案。”[9]
对村镇银行实施与城市商业银行不同的差别监管原因在于：首先，村镇银行一般仅对本社区的客户提供信贷为主的金融服务，业务规模较小，业务种类也较为单一，一般不会产生系统性金融风险的后果。其次，村镇银行开展的是建立在软信息基础上的关系型借贷。村镇银行立足于人员流动性较小的农村社区，相对于城市商业银行，它具有基于地缘优势的信息优势，能更好地解决借款人信息不对称问题。而城市商业银行面对的是流动性较大的陌生人社会，其采取的必然是建立在企业财务报表、担保品和信用分数等硬信息基础之上的交易型信贷。最后，社区银行的风险来源与大型商业银行的风险来源是不一致的。有研究表明，规模不同的金融机构在信贷质量方面有较大的差异。社区银行与当地的企业建立长期的协作关系，可以获得更为有效的信息。小型企业为了避免破坏与社区银行之间的信贷联系，具有及时还贷的动力。实证研究表明，社区银行对于信息不对称问题的解决具有天然优势，社区银行的信贷质量高于大型银行的信贷质量。[10]但是需要注意的是，由于村镇银行在组织机构设置、工作人员素质、服务对象等方面的特殊性，与其他金融机构相比，其面临更高的管理和经营风险。而且由于其服务主要面向“三农”，“三农”抗风险能力较弱这将会直接影响到村镇银行资金的安全性。这些区别决定了对村镇银行的监管不能完全套用城市商业银行的监管法律制度，而是要设计出符合村镇银行经营特点的有区别的监管制度。
过去一段时间内，我国根据各商业银行的成立方式，将其划分为大型国有商业银行、股份制商业银行、城市商业银行以及农村商业银行，并在此基础上实施差异化的分类监管政策。但是这种监管方式已经难以有效发挥监管政策对银行业风险防范的功能。从2012年开始，我国实现监管政策的新转向：对系统重要性银行实行最严格的资本充足率监管，对非系统重要性银行实行较为严格的资本充足率监管，再辅之以对不同规模和类型的金融机构实行其他有针对性的分类监管。但是总体而言，目前监管部门制定的监管措施都是以巴塞尔协议Ⅱ为基准，同时结合不同地区经济发展的具体特点，对监管措施进行微调。在城乡差异较大、金融生态环境迥异的背景下，以巴塞尔协议为蓝本所制定的监管措施必然会带来不利的影响，因此必须要改革现有的村镇银行监管制度。要结合村镇银行的特点对各种监管要素进行重新配置，在监管工具上，应对不良贷款的认定和风险分类、拨备政策、资本充足率要求、小额贷款资产权重等作出适当调整。
