（一）一般项目
包括血液、尿液、大便常规检查和生化检查。急性传染病的血象变化具有一定的特征性，大多数病毒性传染病白细胞计数正常或减少，而流行性乙型脑炎、流行性出血热、传染性单核细胞增多症及狂犬病则多升高；革兰阳性菌感染，特别是化脓菌感染白细胞计数多升高；革兰阴性菌感染白细胞计数升高不明显甚至减少，如布氏菌病、伤寒及其他沙门菌感染；出现类白血病反应可见于流行性脑脊髓膜炎、百日咳、流行性出血热等；嗜酸性粒细胞计数增多常见于寄生虫病，减少则见于伤寒、流行性脑脊髓膜炎。大便常规检查对蠕虫感染及感染性腹泻的诊断有鉴别意义。尿液检查对流行性出血热、钩端螺旋体病等的诊断有重要价值。生化检查有助于病毒性肝炎的诊断。
（二）病原学检查
1.病原体直接检查 采用光学显微镜可从外周血中直接检出疟原虫、微丝蚴，从大便中检出寄生虫卵和阿米巴滋养体，暗视野下还可检查霍乱弧菌和螺旋体。骨髓涂片可检出疟原虫及利什曼原虫。大便孵化法可检查血吸虫毛蚴，各种集卵法对蠕虫病诊断有重要价值。
2.病原体分离 细菌、螺旋体和真菌通常可用人工培养基分离培养。病毒分离一般需用组织培养。立克次体则需要动物接种和组织培养才能分离出来。用以分离病原体的检材可采自血、尿、粪、脑脊液、痰、骨髓和皮疹吸出液等。
（三）免疫学检测
1.特异性抗体检测 应用已知抗原检测血清或体液中相应抗体的滴度是最常用的免疫学检测方法。感染早期，血清中尚无特异性抗体或滴度很低，恢复期或病后抗体滴度显著升高。既往感染或曾接受预防接种，再感染另一种病原体时，抗体滴度也会升高，即回忆性抗体反应。故传染病急性期和恢复期双份血清抗体滴度升高≥4倍才有诊断价值。常用的血清学检查方法有：①凝集反应，如用菌体颗粒抗原与伤寒、副伤寒杆菌抗体发生凝集称为肥达反应；用变形杆菌抗原与立克次体的抗体发生凝集称为外斐反应。②沉淀反应，是用可溶性抗原与相应抗体进行琼脂扩散、对流免疫电泳等。③补体结合试验，是用抗原抗体复合物可结合补体而抑制溶血反应的原理，用于病毒感染的诊断。④中和反应，是应用中和抗体在动物或组织培养中可中和病毒的原理，常用作流行病学调查。此外，间接荧光抗体技术（IFAT）、被动血凝试验（PHA）、酶联免疫吸附试验（ELISA）、放射免疫测定（RIA）等均是比较常用的特异性抗体检查方法，单克隆抗体技术的应用使这些方法更加灵敏、可靠。
2.特异性抗原检测 多数检测特异性抗体的方法加以改进，可用来检测抗原，如反相被动血凝试验（RPHA）、直接荧光技术（FAT）、酶联免疫吸附试验（ELISA）及放射免疫测定（RIA）等。
3.皮肤试验 用特异性抗原做皮内注射，推测患者T淋巴细胞是否已被致敏，如用于结核病和血吸虫病的流行病学调查。
4.免疫功能检测 血清免疫球蛋白浓度检测有助于判断体液免疫功能，T细胞亚群检测常用于艾滋病的诊断。
（四）分子生物学检测
分子杂交利用放射性核素（如32P）或生物素标记的分子探针检测病毒特异性核酸或细菌毒素。聚合酶链反应（PCR）技术已广泛用于病毒、细菌等病原微生物的诊断。
（五）其他检查
X线检查、内镜检查、B型超声、计算机体层扫描（CT）、磁共振成像（MRI）和活体组织检查等，对不同传染病和寄生虫病各有其特殊的诊断价值。
