二、基因座与基因座间相关性分析
以上我们都是针对单个基因座讨论的，当研究多个基因座时，常需分析2个基因座之间是否有关联。若2个基因座之间是独立的，可以将2个基因座基因型的频率相乘（乘积定理，product rule），否则不能应用此定理。因此基因座间的关联分析在法医DNA数据处理中很重要。位于不同染色体的基因座，或者虽在同一染色体，但相距很远的基因座，一般都是呈非连锁遗传，可以认为是相互独立的。如果2个基因座在同一条染色体上，它们的位置很近，则这2个基因座上的等位基因遗传（传递）给下一代是不独立的，这一现象在遗传学中称为连锁（linkage）。
连锁不平衡（linkage disequilibrium）是与连锁有关的一个重要的遗传学概念。如果2个基因座上的某2个等位基因不是独立出现，则称它们处于连锁不平衡状态。
基因座之间是否处于连锁平衡状态，可以通过检验连锁不平衡系数来判定。设有A和B两个基因座，A基因座有A和a两种等位基因，B基因座有B和b两种等位基因。基因座A和B之间的不平衡系数D，可以定义为：
pAB为产生配子AB的概率（可由EM算法得到，具体计算方法请见本章第二节），pA，pB分别是等位基因A，B的频率。
n为配子数，自由度df=1。根据χ2值，得到相应的P值，可以判定这2个基因座之间是否处于连锁不平衡状态。
