酶相对分子质量一般在104～106之间，是具有一定空间结构的大分子，它的表面分布着许多化学基团，其中有些化学基团与酶活性有密切关系，有些与酶活性没有直接关系。酶分子中氨基酸残基侧链所具有的化学基团中，与酶活性密切相关的化学基团称作酶的必需基团（essential group）。常见的必需基团有组氨酸残基上的咪唑基，丝氨酸残基上的羟基，半胱氨酸残基上的巯基，谷氨酸残基上的γ－羧基等。这些必需基团在一级结构上可能相距很远，但在空间结构上彼此靠近，组成具有特定空间结构的区域，能与底物特异的结合并催化底物转化为产物，这一区域称为酶的活性中心（active center）或活性部位（active site）。辅酶或辅基参与酶活性中心的组成。
酶活性中心内的必需基团有两类：结合基团（binding group）结合底物和辅酶，使之与酶形成复合物；催化基团（catalytic group）则影响底物中某些化学键的稳定性，催化底物发生化学反应，并将其转变成产物。活性中心内的必需基团可同时具有这两方面的功能。还有一些必需基团虽然不参加活性中心的组成，但却为维持酶活性中心的空间构象所必需，这些基团称酶活性中心以外的必需基团。
酶的活性中心常形成形如裂缝或凹陷的三维结构的区域（图3－1），此裂缝或凹陷深入到酶分子内部，且多为氨基酸残基的疏水基团组成的疏水环境，有利于酶催化作用的进行。酶的活性中心是酶催化作用的关键部位，它一旦被其他物质占据或某些理化因素使酶的空间结构破坏，酶则丧失催化能力。
图3－1 溶菌酶的活性中心
－A－B－C－D－E－F－ 为溶菌酶的底物糖链
