“子午”是指古人利用十二地支计时中子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥的“子”与“午”两个时辰而言。“子”代表十二时辰中第一个时辰（夜半23：00～1：00）；“午”代表十二时辰中第七个时辰（日中11：00～13：00）。每个时间是现代钟点的两个小时。一昼夜的24小时用十二地支来计时，是中国古代的一种计时方法，用于“时间针法”更具特色（表1－1）。
表1－1 十二时辰地支与现代钟点对照表
十二地支计时的方法是固定不变的，其中“子午”表示了一昼夜中阴消阳长的过程。如《针灸大全》中说：“子时一刻，乃一阳之生；午时一刻，乃一阴之生。故以子午分之而得乎中也。”夜半为子时，为阴之极，阴极为阳，故子时一刻为阳之始生；日中为午时，为阳之极，阳极为阴，故午时一刻为阴之始生。从子时到午时，又从午时到子时，阴阳转变，明暗转化，冷热交替，即表示了阴阳消长转化过程，故以“子午”作为阴阳起始的焦点。
“流”是流动之意；“注”是灌注之意。如《针灸大全》中说：“流者往也，注者住也。”“子午流注”是指从子时到午时，或从午时到子时，人体气血在经脉中循行灌注，随着时间、阴阳的转化而出现的气血流注盛衰变化规律。某个穴位如果逢开时就气血旺盛，逢闭时则气血衰退。如果能够掌握其时机而取其穴，就可以提高治疗效果。这也是“子午流注”因时施治的重要性。
