腧穴按其发现的先后顺序可分为阿是穴、奇穴和经穴三类，现就其各自的特点分述如下：
（一）阿是穴
阿是穴，又称天应穴、不定穴、扪当穴等。是以压痛或疾病反应点作为刺灸的部位。这类穴位的特点是无具体名称，无固定位置，无经脉归属。一般来说，阿是穴多位于病变附近，也有位于与其距离较远处的。
“阿是”之名，首见于唐代孙思邈的《备急千金要方》，其中记载：“有阿是之法，言人有病痛，即令捏（掐）其上，若里（果）当其处，不问孔穴，即得便快成（或）痛处，即云阿是，灸刺皆验，故曰阿是穴也”。其实《内经》最早称之为“以痛为腧”。如《灵枢·五邪》说：“以手疾按之，快然乃刺之”；《素问·缪刺论》也说：“疾按之应手如痛，刺之”；《素问·骨空论》还说：“切之坚痛，如筋者灸之”，指的都是以或痛、或快、或特殊反应处作为刺灸部位，都有阿是之意。此外，《扁鹊神应针灸玉龙经》根据其部位不固定的特点，称之为“不定穴”；《医学纲目》称为“天应穴”。以上种种，其名虽异，其意则同。
（二）奇穴
凡未归入十四经穴范围，而有具体的位置和名称的经验效穴，统称为“经外奇穴”，简称“奇穴”。奇穴是在“阿是穴”的基础上发展起来的，它的特点是有具体的名称、有固定的位置，但无经脉归属。这类腧穴的主治范围比较单一，多数对某些病症有特殊疗效，如百劳穴治瘰疬，四缝穴治小儿疳积等。
历代文献有关奇穴的记载很多，如《备急千金要方》载有奇穴187个之多，均散见于各类病症的治疗篇中。但这时没有“奇穴”这一称法，只因其取穴法不同于经穴，近人都把它算成奇穴。明代《奇效良方》才专列“奇穴”，但只收集了26穴。《针灸大成》始列“经外奇穴”一门，载有35穴。《类经图翼》也专列“奇俞类集”一篇，载有84穴。《针灸集成》汇集了144穴。可见，历代医家对奇穴颇为重视。奇穴的分布较为分散，有的在十四经循行路线上，但没有列入十四经穴中；有的虽不在十四经循行路线上，但却与经络系统有着密切联系；有的奇穴并不是指一个穴位，而是多个穴位的组合，如十宣、八邪、八风、华佗夹脊等；有些虽名为奇穴，但实际上就是经穴，如胞门、子户，实际就是水道穴，四花就是胆俞、膈俞四穴。
（三）经穴
凡归属于十二经脉和任、督脉的腧穴，总称为“十四经穴”，简称“经穴”。其特点是有具体的名称、有固定的位置，有经脉归属。经络学说就是以这些腧穴为主要依据，就其主治规律、疾病证候等进行总结，使分散的腧穴系统化，并由早期的基本穴逐步发展到全部经穴的。
经穴的数目也是由少到多不断发展起来的。《灵枢·本输》论列各经五输穴，《素问·气府论》论列各经“脉气所发”穴，《灵枢·经脉》论列各络穴，这些都是经络在四肢的基本穴位，为以后腧穴的分经归类奠定了基础。《内经》多处提到“三百六十五穴”之数，但实际其载有穴名者只160个左右；后世的《针灸甲乙经》《千金翼方》记载了经穴349个，数目有较大的突破；宋代《铜人腧穴针灸图经》《十四经发挥》记载的穴数又有所增加，达到了354个；明代《针灸大成》记载有经穴359个；至清代《针灸逢源》，经穴总数才达到361个，此数目一直沿用至今。
