取象比类是中国古代哲学家和自然科学家最常使用的一种思维方法，如他们都把人体看作是一个小宇宙，把体内阳气的运行规律与日出日落相比类等。《内经》曾大量运用这一方法，借以阐明深奥难懂的医学道理。由于《温疫论》提出了一整套全新的概念，为了便于人们的理解，作者在其中多处采用了取象比类的方法加以说明。
伤寒与瘟疫的区别，是《温疫论》比较的重点，为了阐述二者不同的发病特点，作者将伤寒称作“行邪”，将瘟疫称作“伏邪”。所谓行邪者，“如行人经由某地，本无根蒂，因其飘浮之势，病形虽重，若果在经，一汗而解；若果传胃，一下而愈，药到便能获效”。所谓伏邪者，“温疫之邪，伏于膜原，如鸟栖巢，如兽藏穴，营卫所不关，药石所不及。至其发也，邪毒渐涨，内侵于腑，外淫于经，营卫受伤，诸证渐显，然后可得而治之”。作者用“如鸟栖巢，如兽藏穴”来取象比类邪伏膜原的态势，十分形象，此时如用治疗伤寒的汗下诸法，均为无的放矢，必待伏邪自行出表，或入于里，如鸟出巢，如兽出穴时，才可因势利导，一击而溃。这样，就将伤寒、瘟疫发病特点的不同和治疗时机的不同区别得十分清楚。又如，通过“战汗”而解，是瘟疫痊愈的重要途径，但是医生和病人每遇战汗则恐慌不已，难以理喻。作者取象于鸟飞的道理来比类说明，“譬如缚足之鸟，乃欲飞升，其可得乎？盖鸟之将飞，其身必伏，先足振而后扬翅，方得升举，此与战汗之义同”，形象地解释战汗是郁闭的里气得以通畅之后，邪气由里达表、自行外出的正常现象。此外，用“炉中伏火，拨开虽焰，不久自息”比类说明用下法后反而发热是属于病情好转的征象；“欲求南风，须开北牖”比类说明用下法也可以治疗呕吐的道理；用“三春旱草，得雨滋荣，残腊枯枝，虽灌弗泽”告诫医家对老年人慎用泻法，对少年人慎用补法，均取象生动，将深奥的道理作了浅显易懂的比类说明。
